有清一代，贵阳不仅是全省政治、经济中心，而且是全省教育中心。贵阳的贵山书院、正本书院、正习书院三书院，在全省享有盛名，培养了众多的人才。

  　　贵山书院是清代贵州全省规模最大、师资力量最雄厚、经费最充裕、培养人才最多的书院，是贵阳三书院之首。贵山书院存在了一百六十六年，影响深远。书院地址在贵州巡抚署左，就是今天贵阳省府路贵山饭店左斜对面贵山街一带。

  　　贵山书院创建于清朝雍正十三年（一七三五年），由贵州巡抚元展成在阳明书院原址重修。元展成奉朝廷命令，用银一千两，增建学舍五十间，购买经史子集各类书籍一千余卷，又设置学田作为生员膏火来源，将阳明书院改名贵山书院，这是贵山书院之始。以后，嘉庆二十年（一八一五年）贵州巡抚曾燠、同治八年（一八六九年）贵州巡抚曾璧光都曾重修。光绪二十四年（一八九八年）廷议变法，皇帝下诏各省书院一律改设学堂，二十七年（一九O一年）书院遂废。

  　　贵山书院和明朝贵阳的书院相比较，有很大变化：一是官为择师，山长多为地方官员提请皇帝任命，选择重要学者担任，书院逐渐演变成“官学”的一部分；二是教科书除《四书》、《五经》外，自乾隆十年（一七四五年）后，月课以八股文为主；三是除山长讲学外，地方官员也常到书院讲课，甚至由官府出面考生员，称之为“官课”； 四是自光绪五年（一八七九年）后，根据贵州巡抚林肇元的奏请，书院改为专课经古。这些变化说明清政府加强了对书院的控制，淡化了原来的自由讲学、互相切磋的学术空气，流弊极大的八股文束缚了生员的思想。

  　　贵山书院的鼎盛时期是乾隆、嘉庆两朝。这一时期，著名学者陈法、张甄陶、何泌、翟翔时先后担任山长，他们共同的特点是学识丰富，教育生员严格，人品高尚。生员多时达到两百多人，培养了众多的举人、进士，如谢庭薰、宋劭谷、花杰、胡万青、何应杰、翟锦观、苏廷棻等皆出自贵山书院，乾嘉时贵州文风大进，贵山书院功不可灭。到晚清周之冕主讲时，生员中有后来中状元的青岩赵以炯，这也是贵山书院的光荣。

  　　贵山书院撤销后，清末，书院地址先后设立过贵州大学堂、贵州高等学堂、简易师范学堂、矿业学堂。

  　　正本书院，俗称北书院。嘉庆五年（一八OO年）贵州巡抚常明建。地址贵阳府城北门外六广门内大街，即今中华北路上，现大门开在侧面永乐路上。嘉庆二十四年（一八一九年）粮储道倭臣布修葺。光绪二十九年（一九O三年）改设贵阳府中学堂。民国时为北区警署。解放后至今为市公安局云岩区分局。 

 　　正习书院，俗称南书院。嘉庆五年（一八OO年）贵州巡抚常明建。地址在贵阳城南隅，原名顺城街，即今之护国路上。嘉庆二十四年（一八一九年）粮储道倭臣布修葺。光绪中改名学古书院，后又改名经世学堂。光绪三十一年（一九O五年）改设蚕桑学堂，宣统时又改设模范中学，后迁去，民国时其地为宿舍。